Bonjour,
Je ne suis pas forcément le meilleur spécialiste, mais puisque personne ne vous répond... D'après ce que je sais :
1) Il est plutôt déconseillé d'avoir des batteries de type ou d'âge différent sur un même parc, pour éviter les déséquilibres de charge entre elles.
2) Pour un type de batterie, il y a une tension de charge maxi à ne pas dépasser - voir le lien ci-dessous par exemple. Certains chargeurs permettent d'ajuster des tensions différentes pour la batterie moteur et le parc servitude.
3) Dans votre cas, et d'après les valeurs du lien, les charges maxi sont du même ordre : 14,4 V. Donc, même si le chargeur n'a qu'un seul réglage, ce n'est pas gênant.
4) Votre point 2. Quand je vois des cables électriques qui restent branchés en l'absence prolongée des propriétaires, cela me fait toujours très peur. D'abord, parce qu'en cas de dysfonctionnement à bord, c'est prendre le risque d'avoir un incendie. J'ai vu ainsi un bateau prendre feu dans le port il y a 2 ans, et je pense que ça arrive assez souvent.
Ensuite parce que la plupart de ces cables finissent par traîner dans l'eau, à la suite des mouvements des bateaux, quand le bassin s'agite un peu. Cela génère des courants de fuite et entraîne des problèmes de corrosion sur le bateau et les voisins.
De toutes façons, en une semaine ou un mois, la perte de la charge des batteries n'aura rien de dramatique, ou alors c'est qu'il y a un problème et autant en être averti avant de partir.

Jacques /Thira

http://www.seatronic.fr/conseil/regulation-charge-batterie.php

 1) Pour rassurer de suite : entre AGM et étanche au plomb il ne devrait pas y avoir de différence significative pour bouziller l'une ou l'autre, mais attention à certaine étanches au plomb qui ont besoin de 15Volts!! Le mieux reste bien d'avoir au minimum la même technologie sur toutes les batteries quel que soit le parc, sinon on ne profite pas pleinement du chargeur. Hors sujet : Les AGMs existent aussi bien en décharge profonde qu'en démarrage, et même une décharge profonde sera capable de faire du démarrage grace à une capacité à délivrer des forts courants rapidement.

Dans la théorie, celà dépend du chargeur :
-sortie unique ==> mise en parallèle des batteries pendant la charge. C'est loin d'être le pied et il vaut mieux régler sur le plus bas paramétrage en sachant que l'autre batterie sera toujours plus ou moins chargée (c'est bête d'avoir un chargeur intelligent pour ne pas l'utiliser à plein).

-sorties multiples --> quelle batterie servira de référence ? si c'est l'AGM, vu le peu de différence entre AGM et PB, personnellement je règlerais sur AGM pour avoir la servitude à plein quitte à avoir la Pb qui perd un peu plus de liquide. Quand l'AGM sera au top, vu que l'autodécharge est quasi nulle, le chargeur ne repartira pas avant perpette, permettant à la Pb de "respirer" un poil... De toute façon, il faudra changer cette Pb rapidement pour profiter au mieux de son chargeur. 

2) Avec les batteries AGM, 2 à 3 % d'autodécharge par mois.... pas besoin de laisser le chargeur branché si rien n'est alimenté (frigo,...). J'ai laissé un parc de 400Ah sans entretien sous les tropiques pendant 18 mois sans soucis. En arrivant au mouillage, j'ai démarré le générateur sans problème sur la batterie du moteur et après un gros après-midi de charge avec un chargeur 60Amps le parc de servitude était plein.   Aujourd'hui, pour ce même parc, je pense qu'un petit panneau solaire (10 watts) ferait très bien l'affaire